Следы могильных ям при раскопках обычно начинают прослеживаться на уровне материка или близком к материку. Поэтому сам процесс раскопок грунтовых могильников может быть условно разделен на два этапа: 1) снятие почвенного слоя и выявление верхнего контура могильных ям; 2) расчистка могильных ям и содержащихся в них остатков погребений.

Работа первого этапа, как правило, производится вручную, без применения землеройной техники. «Инструкция к Открытым листам» допускает использование землеройных машин при раскопках грунтовых могильников лишь для удаления отвалов и снятия перекрывающего памятник балластного (не содержащего культурных остатков) слоя значительной мощности (например, если площадь могильника перекрыта осыпью или наносами с более высоко расположенных участков) и только в том случае, когда балластный характер этих напластований заранее известен — по обнажениям, результатам разведочных шурфовок или предшествующих раскопок. Снятие грунта скрепером или бульдозером в этих случаях должно проводиться тонкими, не более 10 см, пластами с организацией непрерывного и тщательного наблюдения и должно прекращаться при первом же появлении признаков надмогильных сооружений, находок, связанных с тризнами, могильных пятен и т. п. Наиболее приспособлен для таких работ скрепер.

При ручной работе с намеченного для раскопок участка прежде всего снимается дерн. Его следует сложить отдельно от остальной земли, чтобы по завершении работ можно было задерновать засыпанную площадь раскопа. Иногда материк, на котором можно проследить очертания могильных ям, открывается сразу же по снятии дерна. Но в большинстве случаев почвенный слой под дерном имеет еще более или менее значительную мощность. Снимать его до материка или до горизонта, на зачищенной поверхности которого можно видеть пятна могильных ям, следует осторожно, слоями в 10—20 см, с точной фиксацией на плане и в дневнике всех сделанных находок, часть которых может относиться к могильнику. Обязательна нивелировка уровня, на котором сделаны эти находки. Слой режется лопатой вертикально, небольшими порциями, чтобы не повредить и не сдвинуть возможные находки и вовремя заметить изменения цветности и структуры слоя, которые могут свидетельствовать о приближении могилы или иного объекта. С этой же целью после снятия каждого слоя необходимо делать тщательную горизонтальную зачистку. Особенно внимательно следует следить за снятием второго и последующего слоев.

При обнаружении в почвенном слое объектов, которые могут являться остатками надмогильных сооружений, с поверхности невидимых или видимых лишь частично (например, выкладки из камней, каменные оградки и т. п. ), их надо расчистить полностью, нанести на план раскопа с нивелировкой верхней и нижней поверхности, сфотографировать в расчищенном виде в разных ракурсах. Одновременно вычерчивается более подробный план участка раскопа с таким сооружением в масштабе 1: 10. На этот план в дальнейшем должны быть нанесены контуры могильной ямы, располагающейся под данным сооружением. Если надмогильное сооружение не закрывает контуров могильного пятна, они обозначаются сплошной линией, а сам план в дальнейшем используется как план погребения. Если надмогильное сооружение полностью или частично закрывает могильное пятно, его контуры обозначаются пунктиром, а план погребения составляется отдельно.